ספר במדבר עוסק בתקופת המסע של עם ישראל במדבר לאחר מתן תורה בהר סיני והקמת המשכן. תחילתו בחודש לאחר הקמת המשכן – בחודש השני לשנה השנית. תקופת המסע במדבר לא היתה רק התווך שבין מצרים לירושלים, אלא מעין "סדרת חינוך" של עם ישראל, תקופה של עיצוב העולם הרוחני והמבנה הלאומי והחברתי. עם ישראל עובר במדבר תהליכי התבגרות לאומית קולקטיבית. כמו תהליכי התבגרות אחרים, יש בו גם הרבה משברים אשר מתחילים בפרשתנו. "עד אמצע פרשת "בהעלותך" נמצאות ההכנות לדרך: סדר המחנות, סדר השבטים, בכל שלמות בנינם, ומאמצע "בהעלותך" מתחילים הסיבוכים וה"שערוריות". בחלק הראשון של ספר במדבר, בפרשיות "בהעלותך שלח קורח" מופיעים משברים פנימיים, ובחלק השני, מפרשת "חוקת" ואילך - זעזועי המשברים מבחוץ". (שיחות הרב צבי יהודה קרח - תשכ"ח).
המשברים מאתגרים את ההנהגה הרוחנית והלאומית ומחייבים אותה למצוא דרכים כיצד ניתן לצמוח מתוך המשבר וכיצד להתאים את האיסטרטגיה של ההנהגה למצב המשתנה.
המשבר הראשון היה המתאוננים: "ויהי העם כמתאוננים רע באזני ד' וישמע ד' ויחר אפו ותבער בם אש ד' ותאכל בקצה המחנה. ויצעק העם אל משה ויתפלל משה אל ד' ותשקע האש". (במדבר יא א). התורה לא מציינת על מה היתה תלונתם, ולא בכדי. "לא מצינו מפורש במקרא מהו אנינות זה, ולא בא הכתוב לסתום אלא לפרש". (כלי יקר במדבר יא א). הרמב"ן מפרש שתלונתם היתה לרגל תחילת המסעות במדבר וההתרחקות ממקום ישוב בני אדם, והדאגה מפני היכולת להתקיים במדבר: "כי כאשר נתרחקו מהר סיני שהיה קרוב לישוב, ובאו בתוך המדבר הגדול והנורא במסע הראשון, היו מצטערים בעצמם לאמר מה נעשה, ואיך נחיה במדבר הזה, ומה נאכל ומה נשתה, ואיך נסבול העמל והענוי ומתי נצא ממנו וכו'. ואמר "כמתאוננים", כי היו מדברים במר נפשם כאשר יעשו הכואבים - והיה רע בעיני ה', שהיה להם ללכת אחריו בשמחה ובטוב לבב מרוב כל טובה אשר נתן להם, והם היו כאנוסים ומוכרחין מתאוננים ומתרעמים על ענינם". (רמב"ן במדבר יא א). הכשל היה בחוסר האמון והבטחון שלהם בד' ובמשה. יש המפרשים שהיא היתה תגובה על הקושי הגדול שהיה במסע הראשון של שלושה ימים ברציפות, ואולי החשש מפני המסעות הבאים. "שלא היה התואנה שחסר להם טוב כאנשי התאוה. אלא שיש להם רע. ולא ביאר המקרא התואנה, אבל בספרי פירש שהיה ההילוך דרך ג' ימים קשה עליהם. ואין זה מעין תאות האספסוף". (העמק דבר במדבר יא א, וכן ברש"י ורשב"ם במדבר י לג), ויש מפרשים שהחשש היה מפני המלחמה המתקרבת על הארץ: "היו קצרי רוח ומתאבלים על שהיה רוצה הקב"ה להכניסם לארץ ויבאו למלחמה, כי היו יריאים ומקטני אמנה". (בכור שור במדבר יא א). הסיבות הללו היו קשורות לסיטואציה המורכבת בה העם היה ואולי מפני כך הכתוב לא כתב את תלונתם באופן מפורש אולם רש"י מפרש שבאמת לא היתה כל סיבה אמיתית להתאונן, "כמתאוננים - אין מתאוננים אלא לשון עלילה, מבקשים עלילה האיך לפרוש מאחרי המקום, וכן הוא אומר בשמשון (שופטים יד) "כי תואנה הוא מבקש". (רש"י שם, וראה ב'כלי יקר' שם שתלונתם היה בהקשר לענייני עריות).
מה מביא את העם להתאונן? האם רוע לשמו? נרגנות ותסכול אישי שמביא יחיד או קבוצה לחפש רק מה רע ומה חסר? האם ערעור על המנהיגות והסמכות של משה רבנו? אולי ביטוי למצוקה פנימית? ומדוע דוקא בעיתוי הזה? שמא עצם ההמצאות במקום לא טבעי למגורי אדם? הניידות והעראיות שמבקשת להגיע כבר (אחרי יותר משנה במדבר) אל המנוחה והנחלה לישוב של קבע? או שמא חוסר היכולת לראות את היתרון שיש במנהיגות של משה עפ"י ד'? או לחילופין התחושה שאין להם מספיק קשב של המנהיג למצבם?
המשבר הראשון מסתיים בתפילתו של משה, לכיבוי התבערה, אולם מיד לאחריו מתעורר משבר קברות התאווה (יש מפרשים הקושרים ביניהם, עי' כלי יקר ועוד). בעיצומו של המשבר: "וישמע משה את העם בוכה למשפחתיו איש לפתח אוהלו ויחר אף ד' מאד ובעיני משה רע" (במדבר יא י).
מצב זה מביא את משה למסקנה שמתכונת ההנהגה היחידנית אינה מתאימה להנהגה מול העומס הגדול ומול אתגרי המסע הקשים במדבר: "לא אוכל אנכי לבדי לשאת את כל העם הזה כי כבד ממני". (במדבר יא יד). המשבר לימד על הצורך לבצע שינוי ולהתאים את איסטרטגית ההנהגה למצב המשתנה. השינוי צריך להביא לצמיחה ולתיקון מתוך המשבר.
המתכונת של ההנהגה שנדרשה לשם כך היתה הנהגה מבוזרת: "ויאמר ד' אל משה אספה לי שבעים איש מזקני ישראל אשר ידעת כי הם זקני העם ושטריו ולקחת אותם אל אוהל מועד והתיצבו שם עמך". (במדבר יא יד).
הביזור לא נועד כדי לתת מענה טכני לצרכי העם אלא מתוך ההבנה שלעם יש צורך באוזן קשבת למצוקותיו, צורך שאינו יכול להתמלא ע"י מנהיגות יחידנית, ומתוך הצורך של משה רבנו לחלק את המעמסה הכרוכה בהנהגת העם: "וטעם "לא אוכל אנכי לבדי" - לא שיעזרוהו הזקנים לתת להם בשר, כי מאין להם, ועוד, אפילו בהיות להם פרנסים רבים לא יתלוננו רק על משה רבינו שהוציאם ממצרים, כמנהגם לאמר לו "למה העליתנו ממצרים", והוא שיתן להם בתפלתו כל משאלותם ותאותם יביא להם. אבל חשב משה, כי בהיות להם מנהיגים רבים ישככו חמתם וידברו על לבם בעת תלונתם, ואפשר כי כאשר התנבאו הזקנים שנאצל עליהם מן הרוח וידעו העם כי נאמנים הם לנביאים, לא יתאספו כלם על משה, וישאלו תאותם גם מהם". (רמב"ן במדבר יא יד).
על כן שבעים הזקנים שנבחרו היו דוקא מזקני העם ושוטריו במצרים: "שלקו על הצבור במצרים מיד הנוגשים שהיו מצריים, והשוטרים הללו היו מרחמים עליהן ומקילים מהם עול העבודה, והיו מוכין על כך ע"י הנוגשים, וכו', כי הם יודעים להנהיג את העם ולסבול אותם". (רבינו בחיי שם טז).
השינוי בהנהגה היה אמור להביא את העם לתהליך של צמיחה, אלמלא המשברים הנוספים שפקדו אותו מכיוונים אחרים.